杀菌灭藻剂能有效地控制循环冷却水系统中微生物的生长、繁殖，从而控制循环冷却水系统中微生物腐蚀和微生物黏泥。常用杀菌灭藻剂可以分为氧化性杀菌灭藻剂和非氧化性杀菌灭藻剂两大类，一般两者交替使用。在循环冷却水各个系统中 选择杀菌灭藻剂要根据系统特点，所用药剂不能影响系统的运行。在钢铁企业循环冷却水中，间接冷却循环水要投加杀菌灭藻剂，而直接冷却循环水的一些系统，如高炉煤气洗涤水、炼钢浊环水等一些高污染水质的系统没有菌藻滋生不用投加杀菌灭藻剂，但连铸浊环水、轧钢浊环水等一些系统和间接冷却循环水系统一样必须投加杀菌灭藻剂，否则微生物黏泥和油泥互相作用堵塞循环水系统管道、设备。今年来，化学法二氧化氯发生器在钢铁企业循环水处理中也有应用，产生的氯气、二氧化氯复合气体投加到水中，防止菌藻滋生。二氧化氯发生器的应用可以实现杀菌灭藻的连续性，特别适用于连铸浊环水、轧钢浊环水这类含油浊环水中。

杀菌灭藻剂在钢铁企业循环水处理中的应用应注意以下事项：1、投加杀菌灭藻剂期间系统尽量减少排污，以免降低药剂浓度，影响杀菌灭藻效果。2、加药点的选择根据工艺条件而定，应本着药剂易于混合溶解的原则。3、杀菌灭藻剂的选择要因系统而定，如直接冷却水系统不得加入洁尔灭这类易产生泡沫的药剂，否则会影响产品的质量；而间接冷却水应定期加入洁尔灭这类具有黏泥剥离作用的药剂。4、在某一系统应选择几种药剂交替投加，避免系统的抗药性和药剂的优势互补。氧化性和非氧化性也应交替使用。5、一般杀菌灭藻剂采用冲击投加，即周期性的一次加入过量的杀菌灭藻剂，使循环水中产生一个相对高的浓度，以迅速有效的杀灭微生物。