非氧化性杀菌灭藻剂不同于氧化杀菌剂，它是以致毒剂的方式破坏微生物的细胞，从而达到杀菌目的。非氧化性杀菌剂优点：具有高效持久、渗透力强的特点，且使用方便，对沉积物或黏泥有渗透、剥离作用，受PH值，以及各种还原物质的影响较小，如硫化氢、氨等。但缺点为：处理费用相对氧化性杀菌剂较高，非常容易造成环境污染问题；且水中的细菌及微生物容易产生抗药性，因此在使用非氧化性杀菌剂时，需要交替添加不同类型的杀菌灭藻剂。

随着国内各种石油、化工，以及电力等行业水循环系统的快速发展，人们对于水处理药剂杀菌灭藻剂的需求变得越来越广泛。大量杀菌灭藻剂厂家的出现，导致市场上售卖的灭藻剂品质参差不齐，很多客户在购买使用后才发现杀菌效果不明显，产品有质量问题。除了产品本身的原因外，还有可能是客户没有选对针对自己本行业的灭藻剂型号。因为不同行业有不同的灭藻剂产品，如电厂水循环系统对应的产品为电厂专用有机溴杀菌灭藻剂，一些客户在购买时容易忽略这个问题，所以导致杀菌效果不明显，增加成本等问题。杀菌灭藻剂的喷洒次数主要取决于灭藻剂的有效作用时间和气象条件。通常，我们在对农作物进行杀菌消毒时，每10～15天喷一次，一个月大概2至3次。在特殊情况下，例如进入春夏，容易出现梅雨季，这时，对农作物应及时进行喷洒。