近日,中国水产科学院南海水产品研究室宋炜研究者协同华大深海完成了棘头梅童鱼性染色体水准基因细致图普的制作和基因遗传分析,科学研究毕业论文“Whole genome sequencing and genome-wide studies of spinyhead croaker (Collichthys lucidus) reveals potential mechanisms for well-developed otoliths in the family Sciaenidae”宣布发布在学术刊物《Frontiers in Genetics》上。该科学研究取得了所级基本上科学研究业务费、浙江关键科研开发方案课题研究、我国要点科研开发方案课题研究等的支助。
棘头梅童鱼(Collichthys lucidus)关键分散于西太平洋区,包含泰国、我国、朝鲜韩国西海岸新区及日本等,是仙河镇及临海生态体系中有着关键生物学与社会经济学实际意义的石首鱼科关键组员之一。本探讨选用二代测序、三代测序和Hi-C转录组测序,拼装出了含24条性染色体,总长为817 Mb的棘头梅童鱼性染色体等级基因图普,scaffold N50达26.58 Mb。根据拼装出的基因组序列,共推算出29, 509个遗传基因,其中29, 432(占有率99.74%)个遗传基因有作用注解信息内容。
根据棘头梅童鱼基因注解剖析,发觉很多基因家族明显增加,在其中一些与“钙转录因子”和不确定性的“耳道作用”相关。运用棘头梅童鱼、黄鱼和斑马鱼等其他鱼种的基因数据信息,开展多序列比对剖析耳石有关的遗传基因,发觉棘头梅童鱼和黄鱼等石首鱼科鱼种与其他鱼种对比,oc90、otol1a和sparc均带有基因突变结构域,otop1和sparcl1在石首鱼种中产生正挑选。
南海所宋炜研究者很多年来对棘头梅童鱼种源开发设计与运用核心技术实现了深入分析和不断科技攻关,确立了棘头梅童鱼关键人群种源特点和基因遗传环境,创建了根据遗传基因标识的种源研制技术性;攻破了棘头梅童鱼天然的临产前亲鱼采捕和水上人工受精瓶颈问题,提升了人力繁殖核心技术短板,创新了苗种人力培养的工艺方式;在中国首先培养苗种200余万尾,而且在福建省三都澳、长江入海口等海域进行了苗种的增殖放流。
棘头梅童鱼基因细致图普的进行,为其种源维护与改进、演变历史时间及石首鱼种耳石产生和生长的分子结构体系科学研究带来了关键信息基本。