羧甲基纤维素常规的受温度的影响较为明显，如果不是特殊级别的羧甲基纤维素，在高温或者是盐分高的环境中，是不稳定的，除此之外，很多使用者反应，羧甲基纤维素的溶液，在放置一段时间之后，溶液会变稀，除了受之前各种因素的影响，意外，羧甲基纤维素的稳定性在一定程度上也会受细菌微生物影响。
　　羧甲基纤维素用不同的取代基团（烷基或羟烷基）改性，其抗微生物的能力就会提高。科学研究发现，水溶性羧甲基纤维素的衍生物，产品的取代度是影响抗酶性的一个重要原因。当取代度高于1的时候，羧甲基纤维素就有抗微生物侵蚀的能力，而且取代度越高其均匀性越好。因此抗微生物的能力就越强。
　　高取代度的羧甲基纤维素具有比较强的抗微生物的能力，抗酶的能力也就越强。在食品应用方面，羧甲基纤维素经过肠道消化之后几乎没有改变，可见羧甲基纤维素对于在生化和酶体系是稳定的。这就使得羧甲基纤维素在食品上的应用有了新的认识。